За час незалежності України діяльність санітарно-епідеміологічної служби Чернівецької області була направлена на здійснення державного санітарно-епідеміологічного нагляду, визначення пріоритетних заходів із профілактики захворювань, захисту населення від негативного впливу факторів навколишнього середовища, вивчення оцінки прогнозування показників здоров’я населення залежно від стану середовища життєдіяльності, підготовку регіональних програм та пропозицій із забезпечення санітарного та епідеміологічного благополуччя населення, недопущення занесення і розповсюдження особливо небезпечних і небезпечних інфекційних захворювань, контроль за ліквідацією причин і умов виникнення і розповсюдження інфекційних захворювань, отруєнь, радіаційного ураження населення.
Державним санітарно-епідеміологічним наглядом охоплені всі сфери життєдіяльності людини: умови проживання, праці, харчування, відпочинку, виховання і навчання дітей та підлітків. Його здійснюють лікарі та середні медпрацівники використовуючи при цьому лабораторні та інструментальні методи досліджень на сучасному рівні.
Тепер у систему санітарно-епідеміологічної служби області входять 13 санепідстанцій та 2 дезінфекційні станції. Штат обласної санепідслужби включає 659 особи, із них лікарів -153, спеціалістів із вищою немедичною освітою – 19, середніх медичних працівників – 306. Сьогодні санітарно-епідеміологічна служба забезпечена потужними профільними лабораторіями та сучасним обладнанням, що дозволяє здійснювати державний санітарно-епідеміологічний нагляд в регіоні на сучасному рівні.